浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary Read”在那里留有宝藏”的传说…… 来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探索海底宫殿时，一名宝藏猎人被鲨鱼群袭击后死亡。由于事出蹊跷，柯南便同灰原等人展开调查。柯南运用推理将宝藏猎人被杀事件和宝藏传说逐一解开。最大的谜团，隐藏在“海盗旗”中的秘密究竟是什么？这回，高潮的舞台，被转移至海底宫殿。