艾斯塔班、涛和姿娅在中国发现了第二座黄金城。艾斯塔班还找到了他的父亲安塔奈斯，不幸的是，假扮成安布罗休斯的萨瑞斯抓走了他，并要挟孩子们以第三座在日本的黄金城作为筹码来交换…… 艾斯塔班一行人在神鹰号的指引下，降落日本鹿儿岛，遇到了地震，神鹰号沉入海底。一郎和真理子兄妹搭救了他们，按照当地法律，外国人要先去见岛津大人。在港口，蒙多萨和水手们遇到昔日仇敌葡萄牙船长盖斯帕，被武士队抓了起来，三个孩子则成功逃脱，并发现了一个用山铜做的奇特物品…… 艾斯塔班和姿娅用项链开启了名为“虚舟”的神秘物品，从中浮现的人形影像告诉孩子们，一定要找到镜盾。而守护虚舟的爷爷说，在很早以前，人们把镜盾献给了出云领主，就在后天万神节将会从寺庙里被拿出来。安布罗休斯的船坠落在岛上，他和蒙多萨他们一样 也被抓了起来。与此同时，孩子们为了赶往出云，试着想让沉入海中的神鹰号重新飞起来……