电影《黑色曼陀罗》主要讲述万文芳在香港演出遭人刺杀，经调查发现，嫌犯是名年轻男子。律师沈一萍（周迅饰）接手这个案子准备开始调查，然而在查案的过程中，其发现担任该案检控官的正是自己的昔日恋人吴正为（吴镇宇饰）。同时，沈一萍在深入调查中发现这起案件疑点重重，于是她来到男孩家中寻求真相，由此，她开始陷入一系列凶手制造的麻烦中。