时代是江户末期，明治初期。因为新政府西洋近代化方针的实施，日本发生了巨大的变化 舞台是举办「万国大博览会」的明治新京都。 大街上随处可见梳着传统发誓的和披散头发，穿着和服和西服的日本人和外国人。佩带「许可证」的妖怪们也在到处奔走。 在妖怪人别帐上登陆并得到「许可证」的妖怪，可以和人类一起生活。其中，有个专门逮捕没有「许可证」的妖怪，为了保卫京都的治安而奋斗的集团——他的名字就是株式会社机动新撰组。 另一方面，在时代的巨变而显得杂乱的京都的街道上，和伙伴妖怪猫丸一起从上海归来的青年降临了。名为坂本龙之介。那个维新英雄·坂本龙马的儿子……